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microRNAs y bases de datos

Angela Ponce
7 abr 2016
3 Min. de lectura

Hola a todos!!

La entrada que os traigo en esta semana esta relacionada con los microRNAs.

Aunque esta entrada servirá principalmente a personas especializadas en biología molecular, voy a hacer una introducción generalizada de qué son los microRNAs y por qué son tan interesantes.

Creo que no está demás tener un poco de culturilla científica y conocer un poco más a fondo lo que, a día de hoy, se tratan de moléculas con un gran potencial y que, en el futuro, tendrán gran aplicabilidad sobre todo dentro del campo biosanitario.

De esta manera, invito a que leáis los primeros párrafos de este post a los no especializados y a los que conocéis este tema, a que entréis en cada una de las páginas que mencionaré posteriormente, pues os pueden ser de gran utilidad si estáis investigando estas moléculas o tenéis que preparar algún trabajo, seminario, etc.

Comencemos con la pequeña introducción:

Los microRNAs (miRNA) se tratan de pequeñas moléculas, concretamente de RNA (19-25nt), cuya función principal es regular la expresión de genes en eucariotas. Esta regulación puede realizarse por dos mecanismos distintos: bloqueando la traducción de mRNA a proteínas y/o induciendo la degradación del mRNA. Por tanto, actúan a nivel post-transcripcional.

Se estima que en torno a un tercio de los genes en humanos podría estar regulado por miRNAs, y a su vez, cada miRNA podría regular hasta doscientos genes. Entre las dianas de los miRNAs están mensajeros que codifican para diversas proteínas: factores de transcripción, proteínas reguladoras del ciclo celular, glicoproteínas, receptores de membrana, proteínas oncogénicas, proteínas señalizadoras, etc.

Debido a su importante papel regulador, los microRNAs están relacionados con numerosas enfermedades, siendo la más destacada el cáncer. Probablemente serán una de las moléculas de las que más se hablarán en el futuro, puesto que nos podrán servir como marcadores de determinadas enfermedades e incluso, si se lograra sintetizar en el laboratorio e introducirlas en el genoma, para regular la expresión de los genes y así controlar el desarrollo de una enfermedad. Aunque todo está por ver, os dejo enlaces de noticias recientes donde podéis comprobar los grandes avances que se están realizando gracias a la investigación de microRNAs:

Un microRNA reduce el crecimiento del neuroblastoma en laboratorio

Identifican un supresor de memoria que puede desempeñar un papel en el autismo

Premiada por buscar la 'llave' de la diabetes

Un microARN regula la adquisición de tolerancia inmunológica en los linfocitos B

Para aquellos que quieran realizar una búsqueda exhaustiva de un microRNA en concreto o los microRNAs asociados a una determinada enfermedad, aquí os recojo las principales bases de datos que se utilizan para ello (clickea en su nombre para ir a su web), y algunos tipos de búsqueda que yo misma realicé para un trabajo del máster. Espero que os sirva de ayuda.

mIRBase: debemos buscar un microRNA (nomenclatura hsa...) en concreto. Tras la búsqueda, podemos obtener información sobre su nombre en symbol, la secuencia de su precursor completa (stem loop, en rosa el miRNA maduro) así como su secuencia lineal (click "get sequence"). En "deep sequencing", podemos encontrar resultados estadísticos que predicen qué microRNA se está expresando: si aquel que es transcrito a partir del extremo 3’ o a partir del extremo 5'.
mirtarbase: aparecen las técnicas que se han utilizado en diferentes artículos y su evidencia. Si clickamos en el nombre ID del microRNA, nos aparece la estructura del miRNA, la secuencia…
c-biportal for cancer genomics: base de datos donde aparecen las ganancias y pérdidas de un gen dentro de una patología. Tenemos que seleccionar las enfermedades que queremos relacionar con nuestro gen o con nuestro microRNA. Incluimos el nombre del gen en symbol y en los resultados ("overview") podemos encontrar si nuestro gen está amplificado, mutado… en diferentes cánceres y en "expression", podemos visualizar la expresión de nuestro gen en diferentes órganos y tejidos. En "mutations", podemos encontrar el tipo de mutación que se ha producido en nuestro gen en un determinado cáncer.
starbase: base de datos cuyos resultados de búsqueda incluye bases de datos citadas anteriormente. Cuando existe interacción entre el gen y el microRNA aparece subrayado en naranja. "Cancernum" es el número de estudios que se ha realizado con ese microRNA en cáncer. Si pinchamos en un resultado significativo, nos aparece la referencia que relaciona ese microRNA con nuestro gen.
microRNA.org tenemos que buscar nuestro gen (nomenclatura Symbol) a estudiar en "target mRNA". Si clickamos en uno de los microRNA que aparecen en los resultados, podemos visualizar la secuencia de nuestro gen y la localización donde se une el microRNA.